Данные команды в консоли помогут восстановить, проверить и оптимизировать все таблицы во всех базах MySQL.
mysqlcheck -u root -p --auto-repair --all-databases mysqlcheck -u root -p --check --all-databases mysqlcheck -u root -p --optimize --all-databases
Источник http://clients.intelvps.ru/knowledgebase.php?action=displayarticle&id=38